Dans le cadre du projet transfrontalier Seine-Escaut qui vise à relier le Bassin parisien aux ports de la mer du Nord avec un canal grand gabarit, la Lys constitue l’axe privilégié entre la région parisienne et les ports maritimes que sont les villes de Gand et d’Anvers.
Dans le cadre du projet transfrontalier Seine-Escaut, le gabarit de la Lys est porté à la classe CEMT Vb (4 400 tonnes).
La Convention du 19 novembre 2018 prévoit la modernisation à la classe Vb de la Lys mitoyenne, dont la gestion est partagée entre trois partenaires : la Région flamande, la Région wallonne et la République française.
Entre la ville de Deûlémont (France), à la confluence Deûle – Lys, et les villes d’Halluin (France) et Menin (Belgique), la Lys est dite mitoyenne en raison de sa situation géographique, à la fois sur le territoire français et sur les territoires wallons et flamands.
La limite de frontière entre les territoires belges et français se situe dans l’axe de l’ancien lit de la Lys, qui a depuis été modifié. La limite de territoire varie donc continuellement. L’entretien par chaque gestionnaire de sa partie de l’infrastructure serait déraisonnable. La section de 16.5km a donc été divisé en trois sections, chacune sous la responsabilité d’un des acteurs : la Wallonie, la Flandre et la France. Par ailleurs, des standards pour l’entretien de l’infrastructure et de l’exploitation tels que l’information des usagers, la restriction ou les interdictions de navigation sont définis.